Po zahtjevu USKOK-a proveden je opsežan i složen predistražni postupak o zakonitosti postupanja odgovornih osoba APN-a vezanih za prijevare hrvatskih državljana srpske nacionalnosti i štetu koju su pretrpjeli zbog prodaja nekretnina u njihovom vlasništvu. Predistražni postupak ukazao je na niz nepravilnosti u radu APN-a zbog kojih je za Republiku Hrvatsku nastala šteta veća od 10 milijuna kuna.
Na temelju rezultata predistražnog postupka kojeg je proveo USKOK, Općinsko državno odvjetništvo u Zagrebu podnijelo je na Općinskom sudu u Zagrebu optužni prijedlog protiv bivšeg direktora APN-a (1956.) zbog kaznenog djela nesavjesnog rada u službi iz čl. 339 Kaznenog zakona. (24. 11. 2006.)
Okrivljenik se tereti da kao direktor APN-a u Zagrebu od početka 2001. godine do 31. kolovoza 2004., u kojem svojstvu je bio zadužen za zakoniti rad Agencije, nije organizirao i vodio poslovanje Agencije u skladu s Pravilnikom o kupnji, raspolaganju i prodaji nekretnina na koji način je omogućio da se u poslovanju APN-a počini čitav niz nezakonitih postupanja.
Tako je APN, kao kupac, ugovore o kupoprodaji nekretnina zaključivala i za nekretnine za koje vlasnici nisu uopće dali ponudu za prodaju. Nadalje, nije vršena identifikacija druge ugovorne strane kao zemljišnoknjižnih vlasnika predmetnih nekretnina. U pojedinim slučajevima suvlasništva prihvaćane su kao valjane punomoći u kojima nisu bili naznačeni svi suvlasnici. Isto tako, u drugim su slučajevima prihvaćane kao valjane punomoći u kojima je kao ime opunomoćitelja bilo navedeno različito ime od imena vlasnika upisanih u zemljišnim knjigama.
Na opisani način je u 39 različitih slučajeva nezakonitog postupanja APN-a Republika Hrvatska oštećena za iznos veći od 10 milijuna kuna jer tako zaključeni kupoprodajni ugovori nisu bili valjana pravna osnova za stjecanje prava vlasništva Republike Hrvatske na nekretninama koje su bile predmet ugovora.
U predmetnom slučaju se i nadalje nastavlja provođenje kriminalističke obrade.