Poslove državnog odvjetništva u USKOK-u obavljaju Ravnatelj koji upravlja radom Ureda i zamjenici ravnatelja.
Ravnatelj i njegovi zamjenici raspoređuju se na rad u USKOK iz reda državnih odvjetnika i zamjenika državnih odvjetnika.
Ravnatelja na mandat od četiri godine imenuje Glavni državni odvjetnik uz prethodno mišljenje ministra nadležnog za poslove pravosuđa i mišljenja kolegija Državnog odvjetništva Republike Hrvatske.
Zamjenike ravnatelja na rad u Ured raspoređuje Glavni državni odvjetnik na prijedlog Ravnatelja, također na vrijeme od četiri godine.
Nakon isteka mandata Ravnatelj i njegovi zamjenci mogu biti ponovno imenovani ili, u suprotnom, vraćeni u državna odvjetništva u kojima su radili prije raspoređivanja na rad u Ured.
Ravnatelj USKOK-a i svi zamjenici ravnatelja, zbog ozbiljnosti i složenosti posla kojim se bave, prije imenovanja podliježu sigurnosnim provjerama i provjerama imovnog stanja.
Provjerama podliježu sve osobe zaposlene u Uredu, uključujući i službenike i namještenike.