U odnosu na ove logore i zatvore u državnim odvjetništvima je protiv 62 osobe istraga u tijeku, protiv 108 osoba je podignuta optužnica, dok je 27 osoba osuđeno.
Tako su zbog kaznenih djela ratnih zločina protiv civilnog stanovništva iz čl. 120. Osnovnog krivičnog zakona Republike Hrvatske i ratnih zarobljenika iz čl. 122. istog Zakona pokrenuti ili su u tijeku postupci:
STAJIĆEVO, BEGEJCI, SREMSKA MITROVICA, NIŠ, STARA GRADIŠKA
Po podignutim optužnicama Županijskog državnog odvjetništva u Osijeku, Županijski sud u Osijeku je 14. travnja 1999. osudio S. B., čuvara u logoru Stajićevo, izrekavši mu kaznu zatvora u trajanju od 10 godina zatvora, te 5. prosinca 1997. proglasio je krivim I. V., čuvara u logoru Stajićevo i Begejci, izrekavši mu kaznu zatvora u trajanju od 20 godina. Okružni sud u Beogradu 21. ožujka 2007. priznao je ovu presudu Županijskog suda u Osijeku u postupku transfera osuđenika radi nastavka izdržavanja kazne zatvora u Republici Srbiji.
Županijsko državno odvjetništvo u Osijeku je 12. travnja 2011. podiglo je, nakon provedene složene i opsežne istrage, optužnicu protiv A. V. i M. Ž. da su, nakon što su po naredbi Uprave bezbednosti tadašnjeg Saveznog sekretarijata za narodnu obranu osnivani logori za ratne zarobljenike u mjestima na teritoriju Srbije i Hrvatske - Begejci, Stajićevo, Sremska Mitrovica, Niš i Stara Gradiška; A. V. kao načelnik navedene Uprave za stvarne zapovjednike logora postavio sebi podređene pripadnike organa bezbednosti i poslao više grupa oficira bezbednosti za ispitivanje ratnih zarobljenika te znajući da njemu podređeni i pripadnici drugih postrojbi, suprotno ovim normama ubijaju, muče i da prema zatočenim civilima i zarobljenicima nečovječno postupaju, ništa nije poduzeo da se takva ponašanja suzbiju i počinitelji kazne, pristajući time na protupravne radnje i njihove posljedice.
M. Ž. da je kao potpukovnik JNA i pripadnik organa bezbednosti, na napuštenom poljoprivrednom imanju u blizini mjesta Begejci i na napuštenoj stočnoj farmi u blizini mjesta Stajićevo u Srbiji, po naredbi okrivljenog A. V. i kao njemu podčinjeni, organizirao osnivanje logora u koje su, protivno normama međunarodnog ratnog i humanitarnog prava, dovodili protupravno zatočene civilne osobe i zarobljene pripadnike oružanih snaga Republike Hrvatske. Tereti ga se da je kao stvarni zapovjednik logora, znajući da u logorima ubijaju, muče i da se prema zatočenim civilima i zarobljenicima nečovječno postupa, i nije učinio ništa da se takva postupanja spriječe i počinitelji kazne pristajući time da se protupravne radnje prema zatočenim civilima i ratnim zarobljenicima i dalje čine. Uslijed opisanih protupravnih radnji obojice okrivljenika veći broj zatočenih civilnih osoba i ratnih zarobljenika je zadobio teške i po život opasne ozljede s posljedicama trajnog narušenja zdravlja, dok je više žena sustavno silovano i seksualno zlostavljano.
VELEPROMET
Županijsko državno odvjetništvo u Vukovaru je zbog kaznenih djela ratnih zločina počinjenih u logoru Velepromet podiglo optužnicu protiv 23 okrivljenika te je Županijski sud u Vukovaru donio presudu kojom je proglasio krivima izrekavši im zatvorske kazne i to: R. J. u trajanju od 20 godina, D. S. u trajanju od 12 godina, N. Ž. u trajanju od 20 godina, D. F. u trajanju od 5 godina, S. S. u trajanju od 20 godina, M. K. na 5 godina, S. C. na 15 godina, B. L. u trajanju od 15 godina, S. K. u trajanju od 3 godine i 6 mjeseci, M. I. u trajanju od 7 godina, M. K. u trajanju od 8 godina, Z. S. u trajanju od 5 godina, G. M. u trajanju od 5 godina.
Također zbog zlostavljanja počinjenih u logoru Velepromet Županijsko državno odvjetništvo u Vukovaru podiglo je optužnicu te je 8. studenog 2000. Županijski sud u Vukovaru proglasio krivim D. Č. izrekavši mu kaznu zatvora u trajanju od 20 godina.
Županijsko državno odvjetništvo u Vukovaru je zbog zločina počinjenih u logoru Velepromet podiglo optužnice pred Županijskim sudom u Vukovaru i to: 5. svibnja 2003. protiv P. R., 29. rujna 2006. protiv S. D. te 12. veljače 2007. protiv J. R.
Osim ovih postupaka protiv poznatih počinitelja, vodi se kriminalistička obrada protiv nepoznatih počinitelja zbog zločina počinjenih u logoru Velepromet te će primjenom odredbi Zakona o primjeni Statuta međunarodnog kaznenog suda i progonu za kaznena djela protiv međunarodnog ratnog i humanitarnog prava, kao nadležno postupanje za postupanje biti određeno Županijsko državno odvjetništvo u Osijeku gdje će se nastaviti s već ranije poduzetim radnjama i mjerama za otkrivanje za sada nepoznatih počinitelja.
LOGOR MANJAČA
Županijsko državno odvjetništvo u Splitu podiglo je optužnicu protiv M. G. te ga je Županijski sud u Splitu 26. lipnja 2000. proglasio krivim zbog kršenja odredbi međunarodnog humanitarnog prava koje je počinio kao zapovjednik tzv. vanjske straže u logoru Manjača, izrekavši mu kaznu zatvora u trajanju od 15 godina.
Županijsko državno odvjetništvo u Zagrebu podnijelo je 17. kolovoza 2011. istražni zahtjev protiv potpukovnika JNA i zapovjednika logora ratnih zarobljenika "Manjača" zbog postojanja osnovane sumnje da je naložio pripadnicima osiguranja logora fizičko i psihičko zlostavljanje zarobljenika te da nije poduzeo ništa da nezakonita postupanja spriječi čime je pristao da njemu podređeni osobe nastave s takvim protupravnim radnjama i na posljedice.
LOGOR BILEĆA
Po optužnici Županijskog državnog odvjetništva u Dubrovniku Županijski sud u Dubrovniku 8. rujna 2000. proglasio je krivim B. Lj., zapovjednika sabirnog centra - logora, zbog kršenja međunarodnog prava prema zarobljenicima te mu je izrečena kazna zatvora u trajanju od 14 godina. Zbog osnovane sumnje da su počinili ratni zločin u tom logoru, u tijeku je istraga protiv M. N. i još dvije osobe.
LOGOR MORINJE
Županijsko državno odvjetništvo u Dubrovniku je 23. studenog 1992. podnijelo istražni zahtjev protiv većeg broja osoba zbog osnovane sumnje da su kršeći odredbe međunarodnog prava mučili i nečovječno postupali prema ratnim zarobljenicima. Nakon što je utvrđeno kako šestorica osumnjičenika prebivaju na teritoriju Republike Crne Gore, uz korištenje mehanizama Sporazuma zaključenog između Državnog odvjetništva Republike Hrvatske i Vrhovnog državnog tužilaštva Crne Gore, pred Višim sudom u Podgorici 15. kolovoza 2008. podignuta je optužnica protiv šestorice okrivljenika koji imaju prebivalište u Crnoj Gori dok Županijsko državno odvjetništvo u Dubrovniku trenutno vodi istragu protiv još trojice osumnjičenika.
LOGOR BUČJE
Županijsko državno odvjetništvo u Slavonskom Brodu, Stalna služba u Požegi podnijela je 29. prosinca 2000. istražni zahtjev protiv jednog od zapovjednika ovog logora te dvojice policajaca, zbog nečovječnog postupanja i mučenja zatvorenika nastavno na raniji istražni zahtjev od 17. rujna 1992. te je trenutno u tijeku istraga protiv 12 osumnjičenika.
Županijsko državno odvjetništvo u Slavonskom Brodu, Stalna služba u Požegi podigla je protiv R. A. optužnicu te ga je Županijski sud u Požegi 7. ožujka 2003. proglasio krivim zbog kršenja odredbi međunarodnog prava koje je počinio zlostavljanjem kao čuvar u navedenom logoru te mu izrekao kaznu zatvora u trajanju od 4 godine i 9 mjeseci.
Isto državno odvjetništvo podiglo je optužnicu protiv V. K., čuvara u navedenom logoru, te ga je Županijski sud u Požegi 27. siječnja 1997. proglasio krivim zbog zlostavljanja izrekavši mu kaznu zatvora u trajanju od 20 godina.
KPD GLINA
Županijsko državno odvjetništvo u Sisku podiglo je 30. srpnja 2010. pred Županijskim sudom u Sisku optužnicu protiv petorice državljana Republike Srbije, te im se, između ostalog stavlja na teret da su i to D.J. kao predsjednik ratnog predsjedništva Gline naredio napade postrojbi Teritorijalne obrane Glina i njima podčinjene milicije "SAO Krajine" na sela nastanjena pretežito hrvatskim pučanstvom, a M. P. se tereti da je kao pomoćnik komandanta Regionalnog štaba Teritorijalne obrane za Baniju i Kordun za moralno-politički rad, naredio da se ratni zarobljenici u logoru KPD Glina podvrgavaju fizičkom i psihičkom mučenju i zlostavljanju što su osobe iz njegove tjelesne zaštite i čuvari logora KPD Glina i provodili. J. K. se tereti i da je kao obavještajni oficir pri Štabu Teritorijalne obrane Glina te istovremeno ovlaštenik za pregovore s predstavnicima hrvatske Vlade vezano za razmjenu zarobljenika, protivno međunarodnim konvencijama, dolazio u logor KPD Glina, gdje je premlaćivao i zlostavljao ratne zarobljenike.
LOGOR BERAK
Županijsko državno odvjetništvo u Vukovaru podiglo je optužnicu protiv S. P. te ga je Županijski sud u Vukovaru 21. prosinca 2007. proglasio krivim zbog zlostavljanja u logoru u mjestu Berak, izrekavši mu kaznu zatvora u trajanju od 3 godine i 6 mjeseci.
Protiv još 18 osoba zbog kaznenog djela ratnog zločina počinjenog u ovom logoru Županijsko državno odvjetništvo u Vukovaru podiglo je 5. travnja 2006. optužnicu.
ZATVORI U KNINU
Po podignutoj optužnici Županijskog državnog odvjetništva u Zadru protiv S. P. i Ž. K. Županijski sud u Zadru donio je 25. travnja 1995. presudu kojom su proglašeni krivima i osuđeni na kazne zatvora u trajanju od po 20 godina zatvora zbog zlostavljanja koje su počinili kao zatvorski čuvari u Kninu.
Zbog zlostavljanja koje je počinio kao zatvorski čuvar u zatvoru u Kninu, Županijsko državno odvjetništvo u Zadru podiglo je optužnicu protiv N. M. te je Županijski sud u Zadru 20. siječnja 1995. donio presudu kojom je proglašen krivim i osuđen na kaznu zatvora u trajanju od 7 godina.
Županijsko državno odvjetništvo u Zadru podiglo je optužnicu protiv Đ. M. zbog nečovječnog postupanja prema zatvorenicima u vojnom zatvoru tzv. južni logor u Kninu te ga je Županijski sud u Zadru 14. travnja 2005. proglasio krivim i osudio na kaznu zatvora u trajanju od 5 godina.
Županijsko državno odvjetništvo u Šibeniku podiglo je optužnicu protiv S. P. zbog zlostavljanja koje je počinio kao zatvorski čuvar u zatvoru u Kninu te ga je Županijski sud u Šibeniku 3. srpnja 2008. proglasio krivim i osudio na kaznu zatvora u trajanju od 5 godina.
Zbog nečovječnog postupanja koje je Ž. C. počinio kao zatvorski čuvar u zatvoru u staroj kninskoj bolnici, Županijsko državno odvjetništvo u Zadru podiglo je 21. ožujka 1995. optužnicu.
Zbog zlostavljanja počinjenih u zatvorima u Kninu, vojnom zatvoru "Južni logor" u Kninu te tzv. Staroj bolnici u Kninu u tijeku su kazneni postupci i to protiv dvojice čuvara P. K. i N. B. protiv kojih je Županijsko državno odvjetništvo u Šibeniku 2. lipnja 1992. podiglo optužnicu. Nadalje, Županijsko državno odvjetništvu u Šibeniku proširio je raniji istražni zahtjev od 30. studenog 1992. te je u tijeku istraga protiv ukupno 39 zatvorskih čuvara te je zahtjevom od 6. svibnja 2011. u tijeku istraga i protiv upravitelja tzv. Okružnog zatvora u prostorijama Stare bolnice u Kninu zbog osnovane sumnje da su počinili teška kršenja međunarodnog humanitarnog prava.
U Županijskom državnom odvjetništvu u Splitu u tijeku je istraga protiv jedne osobe zbog osnovane sumnje da je kao zapovjednik zatvora u Kninu mučio zarobljenike i prema njima nečovječno postupao.
DALJ I ERDUT
Županijsko državno odvjetništvo u Osijeku podiglo je optužnicu protiv M. L. zbog pomaganja u vršenju mučenja i nečovječnim postupanjima u Dalju, u skladištu IPK Osijek, nakon čega su mučene osobe odvođene u logore te ga je Županijski sud u Osijeku 12. listopada 1993. proglasio ga krivim, izrekavši mu kaznu zatvora u trajanju od 5 godina.
Županijsko državno odvjetništvo u Osijeku podiglo je optužnicu protiv 18 osoba zbog kaznenih djela ratnih zločina između kojih 9. srpnja 2004. optužnicu protiv Ž. Č. zbog uspostave zatvora te naređivanja, rukovođenja nezakonitim uhićenjima te nečovječnom postupanju u zatvoru u Dalju.
Protiv E. T., zapovjednika motorizirane brigade JNA Županijsko državno odvjetništvo u Osijeku podiglo je 11. svibnja 2010. optužnicu da je kršeći pravila međunarodnog prava za vrijeme oružanog sukoba, iako je kao zapovjednik bio dužan, propustio spriječiti da se civilno stanovništvo muči, ubija, protuzakonito zatvara i da se općenito prema njemu nečovječno postupa u zatvoru u Dalju. Dokazni materijal iz ovog predmeta dostavljen je na razmatranje Tužilaštvu za ratne zločine Republike Srbije, uz korištenje mehanizama Sporazuma zaključenog između Državnog odvjetništva Republike Hrvatske i tog Tužilaštva, budući je utvrđeno kako optuženik prebiva na teritoriju Republike Srbije.
Nadalje, 21. travnja 2001. podnesen je istražni zahtjev protiv jedne osobe zbog osnovane sumnje da je kao zapovjednik stanice milicije u Erdutu kršio pravila međunarodnog prava nečovječno postupajući prema zarobljenicima zatvorenima u Erdutu, Aljmašu i stanici milicije u Somboru.
Osim postupaka protiv poznatih počinitelja, u tijeku je i provođenje kriminalističke obrade radi utvrđenja do sada neotkrivenih počinitelja kaznenih djela ratnih zločina počinjenih u Dalju i Erdutu.
ZATVOR VOJNIĆ
Pred Županijskim sudom u Karlovcu u tijeku je istraga po istražnom zahtjevu podnijetom 19. svibnja 1997. protiv četvorice osumnjičenika i to zbog postojanja osnovane sumnje da su prvoosumnjičenik D.B. kao upravitelj zatvora u Vojniću organizirao dovođenje civila u zatvor gdje su ih preostali osumnjičenici - stražari usmrćivali, mučili i prema njima nečovječno postupali.
ZATVOR U BIJELOJ
Županijsko državno odvjetništvo u Bjelovaru podiglo je 12. lipnja 1997. optužnicu protiv 26 osoba među kojima su neki optuženi i zbog kršenja normi međunarodnog prava mučenjima i ubijanjem u ovom zatvoru.
ZATVOR U ĐULOVCU
Županijsko državno odvjetništvo u Bjelovaru podiglo je 31. srpnja 1995. optužnicu protiv 19 osoba među kojima su neki optuženi kršenja normi međunarodnog prava protiv zatočenika u ovom zatvoru.
ZATVOR U VELIKOJ PERATOVICI
Županijsko državno odvjetništvo u Bjelovaru podiglo je 16. rujna 1994. optužnicu protiv 26 osoba među kojima su neki optuženi kršenja normi međunarodnog prava u zatvoru u Velikoj Peratovici.
VOJNI ZATVOR U NIJEMCIMA I BOROVOM SELU
Zbog ovih zločina počinjenih, u Županijskom državnom odvjetništvu u Vukovaru u tijeku je kriminalistička obrada radi utvrđenja počinitelja kaznenih djela ratnih zločina.
Državno odvjetništvo Republike Hrvatske i dalje poduzima mjere i radnje kako bi nadležna tijela otkrivanja prikupila sve podatke o za sada nepoznatim kako neposrednim izvršiteljima tako i naredbodavcima u pojedinim logorima i zatvorima. S tim ciljem koristi se i međunarodna pravna pomoć i suradnja kao što je suradnja s tužiteljskim uredima u regiji i pribavljanje dokumentacije i podataka iz Baze podataka Međunarodnog kaznenog tribunala za bivšu Jugoslaviju putem Časnika za vezu u Den Haag-u.